Bağımsızlığını ilan ettiği 1991 yılından beri Makedonya ile Yunanistan arasında yaşanan isim krizi sonunda çözüldü. Yunanistan devleti kendi ülkesi içerisinde Makedonya adlı bir bölge olduğu gerekçesiyle yıllardır Makedonya ülkesinin adının değiştirilmesini istiyordu. Makedonya bu sebepten dolayı da AB ve NATO'ya üye olamıyordu.
Makedonya 1993 yılında Birleşmiş Milletler Genel Kurulundaki oy birliği sonucu Birleşmiş Milletler üyeliğine kabul edilmiş, ancak Yunanistan'ın itirazı sonucu Eski Yugoslavya Cumhuriyeti Makedonya (Former Yugoslav Republic Of Macedonia) ya da kısaltılmış haliyle FYROM adıyla üyeliğe kabul edilmesi şartı getirilmişti. Sonuç olarak ülke, bu şarta razı olarak BM üyesi olmuştu.
Yunanistan ve Makedonya arasında yaşanan isim sorunu 2018 yılında taraflar arasında Prespa Gölü bölgesinde imzalanan anlaşma ile çözüldü. Böylece her iki ülkenin parlamentosu da "Kuzey Makedonya Cumhuriyet" adını resmi olarak kabul etti.