Otofaji, Biyolojik bir terimdir. Bozulmuş hücre içerisinde bulunan lizozomlar tarafından yapılan sindirme olayına Otofaji denir. Başka bir deyişle hücrenin kendisini arındıran ve yenileyen mekanizmasına "otofaji" deniyor.
Otofaji, kendi kendini sindirmek, ya da kendi kendini yemek anlamlarına da gelmektedir. "Otofaji" adı ilk kez 1963 yılında Belçikalı biyokimyacı Christian de Duve tarafından kullanılmıştır. Ayrıca 2016 yılında Japon hücre biyoloğu Yoshinori Ohsumi, otofaji konusundaki araştırmaları yüzünden Nobel Tıp Ödülü'ne layık görülmüştür.
Otofaji'deki hücre içi lizozomlar, ünlü oyun Pac-Man'in ana karakterine benzetilmektedir.